هیات عالی نظارت دارای دبیرخانه‌ای است که در وزارت بازرگانی‌مستقر است. دبیرخانه، بازوی اجرایی هیات عالی نظارت به شمار می‌آید و علاوه بر‌هماهنگ‌کردن امور، وظایف تهیه وتدوین مکتوبات مورد نیاز جهت تصویب هیات و ارائه پیشنهاد را برعهده دارد. تشکیلات اداری و امور مالی و نحوه اداره دبیرخانه به موجب‌آئین‌نامه‌ای خواهد بود که به تصویب وزیر بازرگانی خواهد رسید.