مرکز مشاوره خانواده موظف است برای کلیه مراجعان پرونده تشکیل داده و کلیه سوابق، یافته‌های بالینی و شرح خدمات درمانی ارائه شده به آنها را در فرم‌های مخصوص و استاندارد که نمونه آن توسط مرکز امور مشاوران ارائه می‌شود، درج و نگهداری نماید و آمار ماهانه مراجعین را به رئیس حوزه قضائی یا مجتمع قضائی خانواده مربوط تحویل دهد. پرونده و سوابق مراجعان دور از دسترس سایر مراجعه‌کنندگان و پرسنل به‌طور محرمانه نگهداری می‌شود. اخذ رونوشت از مدارک پرونده مشاوره در موارد ضروری با نظر دادگاه خواهد بود. سوابق مشاوره‌ای اشخاص جزء اسرار خانوادگی محسوب و سوء استفاده از آنها برابر مقررات قابل تعقیب خواهد بود.