اعلام شروع و خاتمه شرایط اضطراری و فرماندهی ستاد در سطوح شهرستان، استان و ملی به ترتیب زیر انجام می‌شود:
الف – سطح شهرستان: به دنبال وقوع مخاطره یا حادثه در قلمرو یک شهرستان، فرماندار شهرستان ضمن اطلاع‌رسانی به استاندار، در صورت لزوم اعلام شرایط اضطراری می‌کند و فرماندهی عملیات پاسخ به بحران را برعهده می‌گیرد. فرماندار در صورت رفع شرایط اضطراری، خاتمه آن را اعلام می‌کند.
ب – سطح استان: در صورتی که فرماندار، میزان یا شدت حادثه یا بحران را فراتر از ظرفیت پاسخ شهرستان محل وقوع حادثه تشخیص دهد، مراتب را به استاندار گزارش می‌دهد. استاندار در صورت تایید گزارش وی، ضمن اطلاع‌رسانی به رئیس سازمان، فرماندهی عملیات پاسخ به بحران را برعهده می‌گیرد. در حالت اخیر، استاندار در صورت رفع شرایط اضطراری، خاتمه آن را اعلام می‌کند. در صورتی که استاندار گزارش فرماندار را تایید نکند، فرماندار مسوولیت فرماندهی عملیات پاسخ به بحران و اعلام خاتمه شرایط اضطراری را برعهده خواهد داشت.
درصورت وقوع مخاطره یا حادثه در فراتر از قلمرو یک شهرستان، استاندار ضمن اطلاع‌رسانی به رئیس سازمان، درصورت لزوم شرایط اضطراری اعلام می‌کند و فرماندهی عملیات پاسخ به بحران را برعهده می‌گیرد و در صورت رفع شرایط اضطراری، خاتمه آن را اعلام می‌کند.
پ – سطح ملی: در صورتی که استاندار، شدت یا میزان حادثه یا بحران را فراتر از ظرفیت پاسخ استان محل وقوع حادثه تشخیص دهد، مراتب را به رئیس سازمان گزارش می‌دهد. رئیس سازمان در صورت تایید گزارش وی، مراتب را به وزیر کشور اطلاع می‌دهد. وزیر کشور در صورت تایید گزارش رئیس سازمان، ضمن اعلام شرایط اضطراری، فرماندهی عملیات پاسخ به بحران را بر عهده می‌گیرد و پس از رفع شرایط اضطراری، خاتمه آن را اعلام می‌کند. در صورتی که وزیر کشور و رئیس سازمان، به ترتیب، گزارش رئیس سازمان و استاندار را تایید نکنند، استاندار مسوولیت فرماندهی شرایط اضطراری و خاتمه آن را برعهده خواهد داشت.
تبصره1- در خصوص آن دسته از بحران‌های ملی که پاسخ به آنها نیاز به بسیج کلیه منابع و ظرفیت‌های سراسر کشور و احتمالاً درخواست کمکهای بین‌المللی دارد، وزیر کشور شرایط را به رئیس شورای‌عالی گزارش می‌دهد و رئیس شورای‌عالی در صورت تایید گزارش وی، مستقیماً فرماندهی عملیات پاسخ به بحران را بر عهده می‌گیرد. در این حالت، اعلام خاتمه شرایط اضطراری با رئیس‌جمهور است.
تبصره2- اعلام شروع و خاتمه شرایط اضطراری و فرماندهی عملیات پاسخ به بحران در شهر تهران بر عهده وزیر کشور می‌باشد.