اتحادیه‌ها توسط هیات مدیره منتخب اعضای اتحادیه اداره می‌شوند.تعداد اعضای این هیات پنج نفر اصلی و دو نفر علی‌البدل برای اتحادیه‌های دارای کمتر از‌هزار واحد صنفی عضو و هفت نفر اصلی و سه نفر علی‌البدل برای اتحادیه‌های دارای‌بیش از هزار واحد صنفی عضو خواهد بود.
تبصره 1 – مدت مسوولیت اعضای هیات مدیره اتحادیه‌ها از تاریخ انتخاب چهارسال تمام است. اعضای هیات مدیره با رای مخفی و مستقیم اعضای اتحادیه انتخاب می‌شوند. اعضای مذکور نمی‌توانند بیش از دو دوره متوالی و یا چهار دوره متناوب در هیات مدیره اتحادیه عضویت داشته باشند.
تبصره 2 – کمیسیون نظارت هر شهرستان موظف است شش ماه قبل از پایان هر‌دوره هیات مدیره، مقدمات برگزاری انتخابات را فراهم آورد.
تبصره 3 – انتخابات اتحادیه‌ها در دور اول با حضور حداقل یک‌سوم اعضاء و در صورت عدم‌دستیابی به حد نصاب مذکور، در دور دوم با حضور حداقل یک‌چهارم اعضاء رسمیت می‌یابد.
آئین نامه اجرایی نحوه برگزاری انتخابات موضوع این تبصره ظرف سه ماه از تاریخ لازم الاجراء شدن این قانون توسط اتاق اصناف ایران با همکاری دبیرخانه هیات عالی نظارت تهیه می‌شود و پس از تایید هیات عالی نظارت به تصویب وزیر صنعت، معدن و تجارت می‌رسد.
تبصره 4 – درصورتی که بر اثر استعفا، عزل، فوت، بیماری، حجر یا محرومیت از‌حقوق اجتماعی عضو یا اعضائی از هیات مدیره، با وجود جایگزینی اعضای علی‌البدل،آن هیات از نصاب این ماده خارج شود، کمیسیون نظارت مکلف است ظرف شش ماه‌نسبت به برگزاری انتخابات برای تعیین اعضای جایگزین اقدام کند. تا انجام انتخابات،افرادی از اعضای همان صنف که واجد شروط قانونی برای اداره امور اتحادیه باشند،توسط اتاق اصناف شهرستان معرفی می‌گردند تا پس از تصویب کمیسیون نظارت، به عنوان‌اعضای جایگزین به عضویت اصلی یا علی‌البدل هیات مدیره منصوب شوند. اگر کمتر از‌دو سال از مدت ماموریت هیات مدیره مانده باشد، مدت ماموریت اعضای جایگزین تا‌پایان مدت ماموریت هیات مدیره ادامه خواهد یافت.
اعضای مستعفی هیات مدیره درصورتی‌که به‌تشخیص کمیسیون نظارت، به‌منظور اخلال در انتخابات استعفاء داده باشند و اعضای معزول از آن هیات، نمی‌توانند برای اولین انتخابات بعدی هیات مدیره اتحادیه داوطلب‌شوند.
تبصره 5 – افراد منصوب شده موضوع تبصره‌های (3) و (4) این ماده دارای کلیه‌اختیارات، حقوق و تکالیف هیات مدیره، به استثنای عضویت در هیات رئیسه اتاق اصناف شهرستان خواهند بود.
تبصره 6 – داوطلب‌شدن کارکنان اتحادیه‌ها، اتاق اصناف‌شهرستان و ایران و دستگاههای اجرائی موضوع ماده(5) قانون مدیریت خدمات کشوری در انتخابات هیات‌مدیره اتحادیه‌های صنفی منوط به استعفای آنان از شغل قبلی خود پیش از ثبت‌نام درانتخابات است. اعلام رسمی پذیرش استعفای کارکنان موضوع این ماده پیش از شروع به کار در هیات مدیره اتحادیه الزامی است.