دبیرخانه هیات عالی نظارت مکلف است با همکاری دبیرخانه‌ شورای‌ عالی مناطق آزاد تجاری صنعتی، نسبت به تهیه آئین‌نامه اجرایی حاکم بر تشکیل و‌فعالیت تشکلهای صنفی در مناطق آزاد کشور اقدام کند تا پس از تصویب وزیر بازرگانی به‌اجرا در آید.